Para uno de los jueces, la orden fue dada por el mismo Lanusse

Hubo varios puntos en disidencia entre los jueces. Guanziroli y Velásquez votaron en sintonía en relación con la absolución de Rubén Paccagnini, quien era jefe de la base entonces y en el cumplimiento de ese rol había sido acusado de ser autor mediato de los crímenes. Por su parte, la jueza Cabrera de Monella consideró que “este procesado tampoco fue ajeno a la matanza de los jóvenes cautivos entre los cuales se encontraba una mujer embarazada de cinco meses”. Agregó la jueza que estaba probada “la vinculación directa con el entonces presidente de facto Lanusse” a través de “la intervención en el devenir de los sucesos en el aeropuerto de Trelew”. Recordó varios testimonios de marinos que daban cuenta de que Paccagnini recibió las órdenes de Lanusse para “quebrantar el acuerdo” de llevar los detenidos nuevamente al penal de Rawson y trasladarlos, en cambio, a la base a su cargo. Por eso lo consideró “una pieza o engranaje fundamental como comunicador de la superioridad”. Desmintió que fuera el primero en llegar al lugar de los hechos a asistir a los heridos y destacó que los sobrevivientes no recibieron atención médica adecuada. Mientras en Buenos Aires, el 21 de agosto –horas antes de la matanza–, Lanusse presidió una junta de comandantes en jefe y se estableció la zona de emergencia en Trelew y los alrededores, en la base Zar Paccagnini mantuvo una reunión con almuerzo con sus superiores, los comandantes Raúl Fitte y Horacio Mayorga. Por eso, según Cabrera de Monella, debe considerársele autor mediato de los 16 homicidios y de las tres tentativas. Su voto fue en soledad y Paccagnini resultó absuelto, pero el fallo podrá ser recurrido por la acusación ante la Cámara de Casación para que se lo condene. A pesar de la diferencia en la apreciación del rol de Paccagnini, hay consenso en cuanto a establecer que existió un plan en las más altas esferas para ejecutar a los detenidos. En cambio, la jueza coincidió con sus pares en la absolución de Jorge Bautista, un militar que arribó de Puerto Belgrano a realizar una auditoría tras los hechos y que estaba acusado, por esa labor, de presunto encubrimiento.